Manuskrip ini pertama kali muncul ke permukaan pada tahun 1912 ketika seorang pedagang dan pengumpul buku kuno bernama Wilfrid M Voynich menemukannya di antara kumpulan manuskrip kuno yang tersimpan di Vila Mondragone di frascati dekat Roma.
Voynich segera mengenali pentingnya penemuan itu. Walaupun hanya terlihat seperti sebuah buku pegangan para alchemist, Voynich bisa melihat bahwa manuskrip itu sepenuhnya tertulis di dalam bahasa kode. Ia lalu meminta para kryptolog paling terkenal pada zamannya untuk memecahkan misteri tulisan-tulisan dalam manuskrip tersebut. Namun usaha itu tidak membuahkan hasil.
Tidak ada yang mengetahui secara pasti asal muasal manuskrip tersebut. Berdasarkan pada gambar-gambar yang ada di dalamnya, para ahli percaya bahwa manuskrip itu berasal dari Eropa dan kemungkinan berasal dari abad 15 atau 17 Masehi.
Catatan kuno yang diketahui pertama kali menyinggung manuskrip ini berasal dari surat seorang alchemist bernama Georg Baresch yang ditujukan kepada Athanasius Kircher, seorang sarjana Jesuit dari Roma.
Dalam suratnya, Baresch meminta bantuan Kircher untuk memecahkan arti tulisan-tulisan dalam manuskrip tersebut. Namun Kircher juga tidak bisa memecahkan misteri itu. Setelah kematian Baresch, kepemilikan manuskrip tersebut jatuh ke tangan Kircher dan tersimpan rapi di perpustakaan Collegio Romano. Manuskrip ini tetap tersimpan rapi di tempat itu hingga 250 tahun kemudian.
Pada tahun 1912, Collegio Romano yang membutuhkan uang memutuskan untuk menjual sebagian manuskrip-manuskrip kuno yang dimilikinya kepada para kolektor dan saat itulah Voynich mendapat 30 diantaranya, termasuk manuskrip misterius itu.
Walaupun ukurannya cukup kecil, hanya 7 kali 5 inci. Namun manuskrip itu memiliki ketebalan 240 halaman. Di dalam setiap halamannya kita bisa menemukan tulisan-tulisan tangan dengan huruf-huruf yang tidak dikenal beserta ilustrasi-ilustrasi kasar seperti tanaman, diagram astrologi dan bahkan wanita telanjang.
Manuskrip itu berisi 170.000 huruf yang dipisahkan dengan spasi sempit. Kebanyakan huruf itu ditulis hanya dengan satu atau dua kali goresan pena. Para peneliti menduga bahwa jumlah jenis alphabet di dalam manuskrip itu hanya sekitar 20-30 huruf yang berbeda. Luar biasanya, alphabet yang digunakan di manuskrip tersebut tidak memiliki keterkaitan dengan bahasa-bahasa yang ada di Eropa kuno.
Dari gambar-gambar ilustrasi yang dibuat di dalam
manuskrip, para peneliti menyimpulkan bahwa manuskrip tersebut berisi
catatan-catatan mengenai herbal, astronomi, biologi, kosmologi, farmasi
dan resep-resep obat. Namun isinya, masih merupakan misteri.Pada tahun 1921, seorang profesor filsafat dari Universitas Pennsylvania bernama Willaim R Newbold mengklaim bahwa di setiap karakter yang terdapat di dalam manuskrip Voynich ada goresan pena yang sangat halus yang hanya bisa dilihat dengan kaca pembesar dan membentuk huruf-huruf Yunani kuno.
Berdasarkan asumsi ini, Newbold menyimpulkan bahwa Manuskrip ini berisi mengenai penemuan-penemuan sains dan ditulis pada abad ke-13 oleh ilmuwan dan filsuf Roger Bacon. Satu dekade kemudian, kesimpulan Newbold dibantah oleh para peneliti lainnya dengan mengatakan bahwa goresan halus tersebut hanyalah pecahan alami dari tinta yang digunakan untuk menulis.
Usaha Newbold hanyalah sebuah permulaan dari usaha panjang untuk memecahkan misteri ini.
Pada tahun 1940an, pemecah kode amatir bernama Joseph M Feely dan Leonell C Strong menggunakan huruf-huruf Roma yang bisa disubtitusikan ke karakter Voynich. Dari hasil penelitiannya, Strong menyimpulkan bahwa manuskrip ini dibuat oleh penulis Inggris dari abad 16 bernama Anthony Ascham yang salah satu karyanya berjudul "A Little Herbal" diterbitkan tahun 1550.
Walaupun manuskrip tersebut memiliki kemiripan isi dengan "A Little Herbal", namun para peneliti tidak bisa melacak bagaimana Anthony Ascham bisa mendapatkan pengetahuan mengenai kryptografi. Kesimpulan Strong akhirnya diabaikan oleh peneliti lainnya.
Pada tahun 1945, Misteri ini diserahkan ke tangan para ahli pemecah kode yang berhasil memecahkan kode tentara jepang pada perang dunia II. Tim pemecah kode ini belum pernah gagal memecahkan kode apapun yang disodorkan. Namun mereka juga gagal menyingkap misteri manuskrip Voynich.
Pada tahun 1978, seorang ahli bahasa bernama John Stojko mengklaim bahwa teks yang terdapat dalam manuskrip Voynich sesungguhnya ditulis dalam bahasa Ukrainia dengan seluruh huruf hidupnya dihilangkan. Namun dengan metode ini, terjemahan yang dihasilkan sepertinya tidak masuk akal. Seperti satu kalimat yang berbunyi : "Emptiness is that what Baby God's Eye is fighting for" sama sekali tidak sesuai dengan ilustrasi yang ada pada halamannya.
Pada tahun 1987, seorang ahli fisika bernama Leo Levitov menyatakan bahwa manuskrip tersebut dihasilkan oleh kaum Cathar, sebuah sekte yang dianggap sesat pada abad pertengahan di Perancis. Menurut Levitov, huruf yang digunakan adalah campuran dari berbagai bahasa, yaitu Belanda, Jerman dan Perancis kuno. Walaupun sepertinya masuk akal, namun hasil terjemahan yang dihasilkan Levitov tidak juga menjadi masuk akal jika dibandingkan dengan sejarah ataupun teologi kaum Cathar.
Setelah menjalani puluhan tahun penelitian, ada satu teori yang saat ini dianggap paling masuk akal, yaitu bahwa manuskrip Voynich hanyalah sebuah hoax atau rekayasa.
Klaim ini pada awalnya datang dari seorang psikolog dan dosen ilmu komputer dari universitas Keele di Inggris yang bernama Gordon Rugg. Ia mempublikasikan penemuannya pada jurnal cryptologia pada tahun 2004.
Selama tiga bulan, Rugg, meneliti manuskrip misterius tersebut tanpa hasil hingga ia sampai pada kesimpulan bahwa manuskrip tersebut hanyalah sebuah hoax. Kesimpulan ini membuat para Voynichologist terkesan. Mereka yang selama bertahun-tahun mencoba memecahkan misteri manuskrip ini tanpa hasil tiba-tiba merasa bahwa ini adalah jawaban yang masuk akal.
Rugg sampai pada kesimpulan ini setelah melihat struktur bahasa yang aneh pada manuskrip ini. Misalnya pada folio 78R, dengan menggunakan model pemecahan versi Rugg, akan terbaca : qokedy qokedy dal qokedy qokedy.
Kata qokedy diulang hingga empat kali dalam sebuah kalimat pendek. Pengulangan seperti ini merupakan hal yang tidak pernah ditemukan dalam bahasa manusia. Terlalu aneh, jadi pastilah manuskrip ini hanyalah sebuah hoax, demikian kesimpulan Rugg. Kesimpulan ini memang tidak pernah terpikirkan sebelumnya oleh peneliti lain.
Kemudian Rugg mulai mencari pemecahan lebih lanjut berdasarkan atas asumsi hoax. Ia kemudian bertanya pada dirinya sendiri. Jika saya tinggal di abad 16 dan ingin membuat sebuah buku yang misterius namun tidak terpecahkan, bagaimanakah cara yang paling murah dan gampang ?
Ia lalu menemukan sebuah peralatan yang disebut Cardan Grille yang pertama kali dideskripsikan pada tahun 1550 oleh Girolamo Cardano. Menurut Rugg, apabila menggunakan alat itu, seseorang yang cukup cerdas dapat menulis satu halaman manuskrip Voynich dalam satu atau dua jam yang berarti dapat menyelesaikan satu buku dalam waktu tiga atau empat bulan termasuk ilustrasi-ilustrasinya.
Rugg bahkan berani menyimpulkan bahwa manuskrip ini dibuat oleh seorang alchemist Inggris bernama Edward Kelley.
Lalu pertanyaannya, jika manuskrip ini hanyalah sebuah rekayasa, mengapa seseorang mau bersusah payah membuatnya ? Rugg punya jawabannya, yaitu uang.
Menurut catatan sejarah, Raja Roma, Rudolph II yang diperlihatkan manuskrip tersebut pertama kali begitu tertarik dengan keindahan buku tersebut sehingga memutuskan untuk membelinya seharga 600 Dukat Emas, atau sekitar $50.000 zaman sekarang. Jumlah uang yang cukup besar bagi sang perekayasa.
Pada tahun 2007, hipotesis Rugg didukung oleh dua kriptolog terkenal bernama Andreas Schinner dan Claude Martin.
Walaupun kesimpulan Rugg cukup masuk akal, namun argumennya tidak begitu saja diterima oleh Voynichologist lainnya. Menurut mereka, bisa saja manuskrip tersebut dibuat untuk menyimpan pesan rahasia dalam kalimat-kalimat yang tidak teratur. Rugg tidak membantah kemungkinan ini.
Pada tahun 1961, manuskrip Voynich dibeli oleh H.P Kraus senilai $24.500. Manuskrip itu kemudian didonasikan ke universitas Yale pada tahun 1969 dan disimpan dengan rapi di perpustakaan Yale hingga saat ini.
